高中生侦探工藤新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐园游玩时（第一集“云霄飞车杀人事件”）目睹了黑衣人正在进行可疑交易。但没有料到，另一名黑衣人（琴酒）从后面打晕了他并强灌毒药APTX-4869，致使身体变小。为了不暴露身份和寻找黑衣人，工藤新一情急之下受到《福尔摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道尔”名字的启发，改为“江户川柯南”，寄住在青梅竹马毛利兰的家中，想借助毛利兰的父亲毛利小五郎（侦探）来找寻黑衣组织。不料毛利小五郎经常做一些“发育不良”的错误推理。作为侦探，柯南实在看不下去，帮助小五郎破了许多案子，大叔得以名声大震，成为“沉睡的小五郎”，并继续追踪黑衣组织及其成员。
